داستان تنفس در بی نهایت در زمان امام هادی(علیه السلام) می گذرد . در زمانه ای که که مشکلات عمیق اعتقادی، فرهنگی، سیاسی، اجتماعی و خفقان گسترده ای در جامعه و نسبت به امام و شیعیان وجود داشته است. در این زمان پیروان امام در بیشتر شهرها تحت نظر بودند و توسط عوامل حکومت کشته یا زندانی می شدند. عبدالرحمن شخصیت اصلی داستان که فردی جنگ آور و ورزیده است ، به زادگاهش اصفهان برمی گردد و باخبر می شود تمام اعضای خانواده اش توسط ببرک داروغه که فردی خونخواراست، کشته شده اند. ماموران ببرک در پی یافتن عبدالرحمن هستند. طی ماجراهایی عبدالرحمن با مامورین داروغه درگیر و با بدنی نیمه جان و زخمی موفق به فرار می شود. عبدارحمن توسط آسیه و خانواده اش پنهان می شود و با مراقبت های شبانه روزی آسیه از مرگ نجات پیدا می کند. او بعد از ازدواج با آسیه مجبور به فرار از اصفهان می شود.عبدالرحمن باید خودش را به سامرا برساند و ماموریت نیمه تمامش را تمام کند، پنهانی به سامرا می رود و با خطرات زیادی روبرو می شود تا اینکه در آن جا متوجه می شود که صاحب اصلی خلافت مسلمین و جانشین برحق رسول الله چه کسی است، او در زمره یاران امام هادی (علیه السلام) قرار می گیرد و ماجراهای خطرناکی را از سر می گذراند….