جلد دوم کتاب در محضر لاهوتیان در پنج بخش تدوین شده است.در بخش اول کتاب در محضر لاهوتیان به سیره اخلاقی و شیوه سلوکی حضرت جعفر آقای مجتهدی (ره) اشاره شده است. که طی آن مشی سلوکی ایشان که مبتنی بر موازین شرع مقدس بود شرح داده شده است و مسائل مختلفی در زمینه سیر اخلاقی و شیوه سلوکی ایشان مطرح شده است.در بخش دوم کتاب در محضر لاهوتیان رهنمودهای اخلاقی و سلوکی حضرت جعفر آقای مجتهدی (ره) مطرح شده است.و در بخش سوم در محضر لاهوتیان رهنمودهای ولایی و معرفتی حضرت جعفر آقای مجتهدی (ره) بیان شده است که برخی از آنها عبارت است از: کیمیا محبت اهل بیت عصمت و طهارت علیهم السلام است. سالکی که طعم محبت اهل بیت علیهم السلام را نچشیده باشد، به جایی نمی رسد. محبت امام حسین علیه السلام محک ایمان است. تا همانند حضرت «حر» آزاده نگردی ، آزادت نمی کنند و …در بخش چهارم کتاب در محضر لاهوتیان خاطره های ماندگار مرحوم شیخ جعفر مجتهدی(ره) و در بخش پنجم کتاب در محضر لاهوتیان گفتگوی عرفانی با حضور معنوی ده تن از عارفان بلند آوازه (سید علی آقای قاضی، شیخ حسنعلی نخودکی اصفهانی، شیخ محمد جواد انصاری همدانی، شیخ رجبعلی خیاط، آیت الله شاه آبادی، سیدهاشم حداد، علامه طباطبائی ، آیت الله بهاء الدینی ، آیت الله کشمیری، و مرحوم حاج اسماعیل دولابی) آورده شده است.