با نگاهی به مسیری که روحانیت و مرجعیت در تاریخ متأخر ایران طی کرده و پایگاه و جایگاهی که اکنون در جامعه ایران دارد، می توان از یک دوراهی بر سر راه روحانیت سخن گفت: نخست، پذیرش ایفای نقش در قالب یک نهاد مدنی و ادغام و مشارکت در ساخت فعال جامعه مدنی نحیف اما در حال تکوین و توسعه ایران؛ و دوم، باقی ماندن بر میراث گذشته و کوشش برای تداوم نقش آفرینی به عنوان یک گروه منزلتی با حفظ امتیازها و خصایل مألوف در جهان جدید. این یک انتخاب تعیین کننده برای نهاد روحانیت در جامعه ای است که در حال انتقال از وضعیت پیشین به دورانی جدید است.