در قطار حیوانات داستان های عجیب و غریبی برای حیواناتی که سوار قطار شده اند و با آن سفر می کنند اتفاق می افتد. غول تاریکی ماجرای بچه هایی است که می خواهند معلمشان را غافلگیر کنند و در حین سفرشان برای او جشن بگیرند، اما در قطار چه طور می توانند بدون آنکه او متوجه شود، مراسم را برگزار کنند…