مخزن‌الاسرار نخستین گنجینه از خمسة نظامی است که در شصت بند تنظیم یافته است. این مثنوی رازناک دارای دو قسمت است. قسمت اول در توحید خداوند و نعت پیامبر، و سبب نظم کتاب و فضیلت سخن است؛ و قسمت دوم بیست مقاله در پند و حکمت است که حکیم گنجه هر مقاله را به تمثیل و حکایتی مناسب ختم کرده است.
دکتر بهروز ثروتیان در بخش اول این کتاب، نسخة خطی مخزن‌الاسرار متعلق به کتابخانة ملی پاریس را با 13 نسخة خطی و چاپی دیگر سنجیده و موارد اختلاف نسخه‌ها را در حواشی صفحات متذکر شده است.
بخش دوم کتاب شامل توضیحات و شرح ابیات مشکل مخزن‌الاسرار است که برای نظامی‌پژوهان و علاقه‌مندان به خمسة نظامی بسیار قابل استفاده می‌باشد. همچنین واژه‌نامة مخزن‌الاسرار و کشف‌الابیات از دیگر قسمت‌های مفید این بخش است.