داستان آخرین قایق از جایی شروع می شود که صدای زنگ جزیره به شخصیت اصلی داستان، «جینی» یاد آوری می کند که قرار است نزدیک ترین دوستش، یعنی «دین» از جزیره برود. قایق دین را از جزیره می برد و «اس» را تحویل می دهد. جینی که به عنوان بزرگ ترین کودک جزیره وظیفه دارد راه و رسم زندگی کردن در آن را به اس یاد بدهد، پس از مدتی به او وابسته شده و کم کم تصمیم می گیرد قوانین جزیره را زیر پا بگذارد. او سنت شکنی کرده و با آخرین قایق از جزیره نمی رود، اما این کار باعث می شود آب وهوای جزیره عجیب وغریب شود و حیوانات آن نیز وحشی شوند. اتفاق تلخی که برای کوچک ترین کودک جزیره می افتد، جینی را مجاب می کند تا با آخرین قایق جزیره را ترک کند و به دنبال سرنوشت نامعلومش برود.