راز باغ متروک داستان معلمی است که به تازگی به روستایی به نام حکیم‌آباد رفته است. او به دنبال ردی از پدربزرگش، به گل‌تپه، روستای مجاور حکیم‌آباد می‌رود تا شاید نشانه‌ای از او بیابد. از سوی دیگر، چهار دانش‌آموز مدرسه که درباره وجه تسمیه یا علت نام‌گذاری روستا تحقیق می‌کنند، با راهنمایی «بابا مراد» پیرترین مرد روستا به باغ متروک حکیم می‌روند تا صندوقچه با ارزشی را که حکیم داشته، بیابند. سرانجام پس…