علیخانی در مقدمه کتاب روش لایه ای در اندیشه پژوهی دلیل نگارش این اثر را نبود یک روش خاص و کاربردی برای انجام پژوهش در حوزه «اندیشه» می‌داند و تاکید می‌کند روش‌های کلی‌تر و عمومی‌تری که هم ‌اکنون برای شناخت اندیشه‌ها استفاده می‌شوند، به اندازه لازم پاسخگو نیستند. به همین دلیل تمرکز اصلی این اثر بر ارائه یک «روش تحقیق» برای اندیشه‌پژوهی و اندیشه‌شناسی(اعم از اندیشه‌های سیاسی، اجتماعی، فرهنگی، اقتصادی، حقوقی، مدیریتی، تربیتی، روانشناسی، ادبی، هنری، فلسفی، عرفانی، فقهی، کلامی‌ارتباطات و رسانه‌ای، و … )است و تلاش شده است تا روشی کاربردی با اصول و قواعد روشن ارائه شود تا پژوهشگران را با خطای کمتر و فایده بیشتر به نتیجه برساند. روشی که این کتاب معرفی می‌کند «مرحله‌ لایه‌ای» نام دارد. از آنجا که اندیشه و شخصیت هر متفکر، دارای لایه‌های متعدد است، این روش، طی مرحله‌های مختلف، این لایه‌ها را شناسایی و تحلیل می‌کند. مولف برای سهولت در تلفظ، این روش را به اختصار «لایه‌ای» نامیده است.

هر چند بخش اصلی این اثر به روش تحقیق برای «اندیشه پژوهی» اختصاص دارد اما کتاب از دو جهت برای تمام پژوهشگران و دانشجویان حوزه علوم انسانی و اجتماعی و انجام تحقیقات گوناگون می‌تواند مفید باشد: نخست به این دلیل که این کتاب با یک نگاه کلان و از بالا، انواع روش‌ها را دسته‌بندی و تعریف می‌کند و دوم این که تعاریف و شاخص‌هایی را که معمولا در آثار روش تحقیق دیده نمی‌شود، برای نوشتن مقدمه، نتیجه‌گیری خلاصه، چکیده و… برای پژوهش‌های علوم انسانی و اجتماعی بیان می‌دارد. در این مباحث ضمن بیان وظیفه و شاخص‌های یک مقدمه روشمند، تعاریف، تفاوت‌ها، و شاخص‌های نتیجه‌گیری، جمع‌بندی، خلاصه، و چکیده نیز برای خوانندگان  آورده شده است.