دورسلی‌ها آن‌قدر بدجنس بودند که هری پاتر در آن تابستان می‌خواست به مدرسه جادوگری هاگوارتز بازگردد. اما همان‌طور که او در حال بستن چمدان‌هایش است، هری اخطاری را از سوی موجودی عجیب و بدجنس به نام دابی دریافت می‌کند که می‌گوید اگر هری پاتر به هاگوارتز بازگردد، فاجعه رخ خواهد داد.

در دومین سال تحصیل هری در هاگوارتز، عذاب‌ها و وحشت‌های تازه‌ای به وجود می‌آیند، از جمله یک پروفسور جدید به‌شدت گیر افتاده، گیلدروی لاکهرت، روحی به نام ناله میرتل که حمام دختران را تحت تأثیر قرار می‌دهد، و توجه ناخواسته خواهر کوچکتر رون ویزلی، جینی.

اما هرکدام از اینها، وقتی دردسر واقعی شروع می‌شود، مشکلی جزئی به نظر می‌رسند، و کسی – یا چیزی – شروع به تبدیل دانش‌آموزان هاگوارتز به سنگ می‌کند. آیا این می تواند دراکو مالفوی باشد، رقیب سمی‌تر از همیشه؟ آیا ممکن است این هاگرید باشد که در نهایت گذشته اسرارآمیز او گفته می شود؟ یا ممکن است کسی باشد که همه در هاگوارتز بیشتر به آن مشکوک هستند… خود هری پاتر؟