خانقاه در طی تاریخ ایران به ویژه تا پیش از صفویه, در زمره بناهای پرشمار بوده است. با این حال, از معماری آن چندان چیزی نمی دانیم. برای شناخت معماری خانقاه باید در طی چندین تحقیق در برهه های گوناگون تاریخی و مناطق جغرافیایی ایران و جهان اسلام, همه منابع نوشتاری عربی و فارسی و ترکی و نیز آثار مرتبط معماری را بررسی کرد. در این تحقیق, به مرحله نخست پیدایی خانقاه در زادگاه آن در ایران, یعنی در سده های نخست هجری در خراسان (ربع نیشابور) می پردازیم. روش این تحقیق تفسیری – تاریخی و منبع اصلی آن, منابع اولیه نوشتاری مرتبط با خراسان سده های نخست است. صوفیان از سده دوم به بعد, در مکان هایی جز مسجد استقرار یافتند و از حدود سده پنجم بود که بنای خاص صوفیان, خانقاه خوانده شد. مظروف یا سازمان خانقاه در خراسان سده پنجم به دست ابوسعید ابوالخیر قوام یافت. این سازمان ارکانی دارد؛ از ارکان انسانی گرفته تا رسوم خانقاه. کارکردهای خانقاه دامنه ای دارد: از عمومی – همچون مجلس گویی – تا خصوصی – همچون زاویه نشینی و سماع. بنای خانقاه این کارکردها را تحقق می بخشید. جای این بنا در درون یا بر کرانه شهر یا روستا بود نه در بین راه. اجزای کالبد خانقاه, همچون سازمان آن, طیفی داشت: مکان های باز, نیمه باز و بسته. مکان های باز, یعنی صحن و بام, به کارکردهای عمومی اختصاص داشت و مکان های بسته, یعنی جماعت خانه و حجره ها و صومعه, به کارکردهای خصوصی. مکان های نیمه باز, یعنی صفه (ایوان) و رواق, مقامی بینابینی داشت. جماعت خانه, به مقتضای نیازها و کارکردش, به صورت گنبدخانه بود. صحن در میان کالبد خانقاه قرار می گرفت و صفه بر صدر صحن. جماعت خانه مستقیما یا به واسطه صفه, به صحن مرتبط می شد. حجره ها بر گرد صحن یا در دو سوی آن می نشستند و درآیگاه (دستگاه ورودی) در میانه یکی از اضلاع صحن.