داستان کتاب دختری با کت آبی، در آمستردام و در سال 1943 می گذرد. هانکه، روزهایش را با تهیه و تحویل کالاهای بازار سیاه به مشتری هایش می گذراند و شب ها نیز مجبور است ماهیت اصلی کارش را از پدر و مادر نگرانش مخفی سازد. نامزد هانکه با یورش آلمان ها در جنگ کشته شد و او هر لحظه را با غم و سوگ نامزدش سپری می کند. هانکه دوست دارد که کار غیرقانونی اش را نوعی شورش و سرکشی کوچک قلمداد کند.
در روزی عادی، یکی از مشتریان هانکه، خانم جانسن، از او درخواست کمک می کند. زمانی که هانکه درخواست خانم جانسن را می شنود، بسیار شوکه و شگفت زده می شود. خانم جانسن می خواهد نوجوانی یهودی را پیدا کند که در خانه اش مخفی شده بود ولی اکنون بدون هیچ رد و نشانی ناپدید شده است. هانکه در ابتدا تمایلی به درگیر شدن در چنین ماجرای خطرناکی ندارد، اما او درنهایت، وارد گستره ای وسیع از اسرار و ماجرجویی ها می شود که او را به قلب مقاومت علیه نازی ها می کشاند، چشمانش را روی بی رحمی و ستم های جنگ باز کرده و او را وادار می سازد که هر طور شده کاری بکند.