داستان کتاب زندگی پنهان نویسنده ها در مورد نیتن فاول، نویسندۀ معروفی است که پس از انتشار سه رمان موفق خود، به یکباره در سال ۱۹۹۹ اعلام کرد که از دنیای نویسندگی کناره گیری خواهد کرد. به دنبال انتشار این خبر، فاول برای زندگی به جزیره ای بکر و دورافتاده به نام بومون می رود؛ جزیره ای در امتداد دریای مدیترانه.بهار ۲۰۱۸بیست سال می شود که هیچ کس خبری از نیتن فاول ندارد. بااین حال مردم همچنان در سراسر دنیا رمان های او را می خوانند و منتظر شنیدن خبری از وی هستند. در همین زمان است که ماتیلد مانی، روزنامه نگاری جوان، برای پرده برداشتن از راز نیتن، عازم جزیرۀ بومون می شود.هم زمان با ورود ماتیلد به جزیره، جسد زنی، میخ شده به درختی کهن، کشف می شود. همین هم باعث می شود مقامات قضایی راه های ورود و خروج به جزیره را تا زمان پیدا شدن قاتل مسدود کنند.