سال ۱۹۰۱ در بیست و نهمین ولایت امپراتوری رو به زوال عثمانی، جزیره مینگر، طاعون شایع میشود. پادشاه عبدالحمید برای جلوگیری از شیوع طاعون از مینگر به اروپا، سربازرس بهداشت و سلامت، بونکوفسکی پاشا، و پس از او دکتر نوری جوان ولی با تجربه را که به تازگی با برادرزاده پادشاه، پاکیزه سلطان، ازدواج کرده، به جزیره می فرستد. پاکیزه سلطان دختر پادشاه قبلی، مراد پنجم، است و کل زندگی اش را در کاخ زندانی بوده؛ به همراه پدر و خواهران و برادر و زنان حرمسرا و حالا برای اولین بار از کاخ بیرون می آید و به همراه همسرش به مینگر می رود. در جزیره، سرگرد جوان و میهن پرستی به نام کامیل که عاشق دختری به نام زینب می شود، با والی جزیره، سامی پاشا، و دکتر نوری هم پیمان می شود برای مبارزه با طاعون، سنت های غلط، خانقاههای عصیانگر، تندروهای مذهبی و آنانی که قدرت علم و ضرورت قرنطینه را باور ندارند. شبهای طاعون حکایت عشق و دلدادگی، کوشش و مبارزه، امیدواری و ناامیدی، میهن پرستی و تلاش برای زنده ماندن در تاریک ترین روزهای مینگر است.