برخورداری جهان از مراتب و وجود رابطه طولی و ناگسستنی بین جهان غیب و جهان شهادت، علوم انسانی مدرن را که بر اساس طبیعت‌گرایی هستی‌شناختی، یا طبیعت‌گرایی روش‌شناختی شکل گرفته است با چالش مواجه می‌سازد.

انکار جهان غیب که در طبیعت‌گرایی هستی‌شناختی بروز یافته و یا انکار نقش جهان غیب در پدیده‌های مادی و انسانی که در طبیعت‌گرایی روش‌شناختی ظهور یافته، معرفت ناقصی را در علوم انسانی موجب شده است.
بررسی صِرف عالم ماده با حفظ کلیت آن در علوم طبیعی اگرچه نواقص و نارسایی‌هایی را به دنبال دارد، اما از صرفاً مادی دیدن انسان ـ و رفتارها و بروزات و حالات درونی او ـ در علوم انسانی و اجتماعی قابل قبول‌تر است و اگر با تسامح و تساهل بتوان طبیعت‌گرایی روش‌شناختی و عدم توجه به نقش و تأثیر علل غیرمادی در علوم طبیعی را پذیرفت، پذیرش این رویکرد در علوم انسانی به هیچ‌روی قابل چشم‌پوشی نخواهد بود.