داستان «مخطوط پترزبورگ» قصه‌ی یک نسخه‌ی گمشده است که قهرمان داستان از پی ان می‌گردد؛ نسخه‌ای به خط ماموستا مولا محمود بایزیدی درباره تاریخ قوم کرد و فرهنگ و آداب و رسومشان، که به کتابخانه‌ی سلطنتی روسیه در پترزبورگ سپرده شده است تا ماندگار شود.

ولی با از دست رفتن کتاب بخشی از تاریخ و حافظه‌ی فرهنگی قوم کرد نیز از بین می‌رود. به این ترتیب داستان با حکایت سفر نویسنده برای یافتن آن گنچ گمشده شکل می‌گیرد، گنجی حاوی بخشی از سرنوشت و قصه‌ی نشسته در آلام کردهای ایران و ترکیه و هویت آن ها.

با وجود مفقود شدن آن نسخه روای‌اش با کمک قوه‌ی خیال، روحی در آن می‌دمد و حکایتی فراموش شده از سرداب‌های پرغبار تاریخ بیرون می‌آورد و زندگی دوباره‌ای به آن می‌بخشد…