کتاب چهل سال تاریخ ایران در سه جلد تدوین شده است. جلد اول آن المآثر و الآثار است که مندرجات آن عبارتند از: متن کتاب، جمع و خرج مملکت و سالنامه. جلد دوم آن یادداشت‌ها و تعلیقات حسین محبوبی اردکانی است بر المآثر و الآثار در احوال رجال دوره و دربار ناصری و جلد سوم آن فهرست‌های چندگانه تاریخی، جغرافیایی و مدنی است.