داستان رمان پرواز شبانه، در آرژانتین و در زمان آغاز تجارت هوایی می گذرد. ریویر، مدیر یکی از خطوط هوایی است که برای اولین بار، پروازهای شبانه را به لیست خدمات خود اضافه کرده است. او از زیردستان خود می خواهد تا هر شب، تمام تمرکزشان را بر روی رسیدن به موقع محموله های ارسالی بگذارند. ساختار اپیزودیک رمان، حول محور کار ریویر در دفتر بوینوس ایرس و ساعات پایانی زندگی خلبانی به نام فابین می چرخد. هواپیمای فابین در گردبادی گیر می افتد، سوختش تمام شده و ارتباط رادیویی اش را از دست می دهد و در همین حال، ریویر از هیچ تلاشی برای مشخص کردن محل هواپیما دریغ نمی کند. با این اتفاق، ادامه یافتن جابه جایی هوایی و شبانه ی بار به اروپا به خطر می افتد. به محض رسیدن دو پرواز دیگر از شیلی و پاراگوئه، ریویر مجبور می شود تا اجازه ی پرواز بدون محموله به مقصد پاریس را صادر کند و از دست دادن فابین را بپذیرد.
رمان پرواز شبانه به شکلی موجز روایت شده و بسیاری از اتفاقات داستان، از نقطه نظر و درک ذهنی شخصیت های داستان برای مخاطب بازگو می شوند.