داستان در ابتدای قرن بیست می‌گذرد. مشاهده‌ی نشانه‌های طاعون در یکی از جزایر مهم امپراتوری، که مملو از جمعیت مسلمان و مسیحی است، موجی از نگرانی را برمی‌انگیزد. از سویی حاکمان محلی وجود بیماری را نفی می‌کنند و آن را شایعه‌پراکنی دشمنان می‌دانند و از سویی دیگر عبدالحمید، سلطان مرموز عثمانی، پزشک متبحر دربار و داماد شاه سابق را به همراه عروسش برای اجرای «قرنطینه» به این جزیره می‌فرستد. هر کسی می‌خواهد در این بلبشو خودش را نجات بدهد و از قرنطینه بگریزد، اما پزشک مخصوص امپراتور که کشورش در آستانه‌ی فروپاشی‌ است چنین اجازه‌ای نمی‌دهد.

ناگهان کنار این بلای دامن‌گستر قتلی هولناک روی می‌دهد و همه را بهت‌زده می‌کند.

پاموک برای اولین‌بار یک راویِ زن برای رمانش برگزیده است، زنی که براساس مشاهداشت برادرزاده‌ی زیبای امپراتور، که همراه همسرش به جزیره فرستاده شده، خالق داستان می‌شود. شب‌های طاعون ماجرای زوال پذیرفتن قدرت متوهمی است که همه‌چیز را توطئه می‌پندارد. رمانی که هر لحظه‌اش مملو از قصه و غافل‌گیری است.